自立事業助成は、原則３年間継続して助成しますが、2年目、3年目の助成は、前年度の活動報告と次年度の活動計画を審査して助成を決定します。
審査において、助成申請の事業計画の通りに成果が上げられず、次年度の事業計画にも助成する効果が認められないと判断された場合は、2年目以降の助成を行わない場合もあります。
また、3年間の継続助成終了後に、助成先団体から引き続きの助成申請があり、審査会で助成することが日本の環境市民活動に有意義であり、団体に必要であると審査決定した場合は、改めて申請活動に対して助成することもあります。